Vóór de Reformatie in de Nederlanden waren het vaak kloosters die opdracht gaven tot het oprichten van molens, voor het malen van graan, maar ook voor het bemalen van polders. In Limburg bijvoorbeeld kwam het ook regelmatig nog voor aan het einde van de negentiende eeuw dat een plaatselijke parochie zich inzette voor de bouw van een molen. In protestantse streken kwam dit minder vaak voor, maar het ontstaan van de molenpolder en molen in Sebaldeburen is onlosmakelijk verbonden met de kerkelijke geschiedenis. Het was ds. Nicolaus Westendorp die in 1801 aan het begin stond van de oprichting van de Sebaldebuurster Molenpolder. De eerste poldermolen werd in dat jaar gebouwd. Nadat deze molen in 1887 afgebrand was werd de huidige molen, die nu als De Eendracht bekend staat, gebouwd.
Aanvankelijk was de molen uitgerust met één vijzel, maar in 1895 werd een tweede vijzel aangebracht die de molen meer capaciteit gaf. De Eendracht is de enige nog bestaande molen in het Westerkwartier die met twee vijzels is uitgerust. In de molen zelf betekent dit dat er een spoorwiel is aangebracht om twee vijzels aan te kunnen drijven. In poldermolens met één vijzel is er een rechtstreekse overbrenging van de koningsspil naar de vijzel. In De Eendracht is er dus een extra overbrenging naar de vijzel(s), derhalve draaien de vijzels ook andersom ten opzichte van molens waarin zich één vijzel bevindt.
In 1926 kreeg één van de beide vijzels een elektrische aandrijving waardoor ook bij windstilte gemalen kon worden. Tot 1970 bleef de molen evenwel in bedrijf op windkracht met één vijzel. De molen was in de periode van de Koude Oorlog dan ook een zogenaamde ‘BWO’-molen. BWO staat voor de wet Bescherming Waterstaatswerken in Oorlogstijd. Deze wet zorgde er voor dat molens in staat van paraatheid waren om op windkracht te kunnen malen in het geval de elektriciteitsvoorziening door oorlogshandelingen niet meer aanwezig zou zijn. Deze wet betekende de redding voor heel wat poldermolens.
Na vijf jaar stilstand valt de molen sinds 1975 onder de hoede van vrijwillig molenaar Henk Berends die in de molenaarswoning naast de molen woont. De molen is enkele malen gerestaureerd en is sinds 2006 weer maalvaardig met twee vijzels en een gevlucht met zelfzwichting en het Van Busselsysteem. Bijzonder is dat sinds enkele jaren één van de twee vijzels ook met een hydraulisch systeem aan kan worden gedreven. Hiermee is De Eendracht ook een hulpgemaal dat ook bij windstilte zijn diensten kan bewijzen. Met de molenaarswoning en het door Berends gebouwde werkende schaalmodel van de molen is het een bijzonder in stand gebleven poldermolencomplex.
Poldermolen De Eendracht in Sebaldeburen heeft in 2013 opnieuw de belangrijke taak gekregen om overtollig water uit de nabijgelegen polders weg te malen. Om dit onafhankelijk van de wind te kunnen doen is één van de twee schroeven in de molen uitgerust met een hydraulische aandrijving. Op vrijdag 10 mei 2013 werd de hydraulische aandrijving officieel in werking gesteld.
Johan van Dijk (2014)